Tener que reconfigurar en Enterprise Manager o reconstruir el EM Repository es algo bastante común.

Los comandos para llevarlos a cabo son bastante básicos

emctl stop dbconsole
emca -deconfig dbcontrol db
emca -repos recreate
emca -config dbcontrol db

Sin embargo, hay varios parámetros utiles, como por ejemplo:

-ORACLE_HOSTNAME

-PORT

Nota:Hay que tener cuidado con las regeneraciones en producción ya que en el momento del borrado la base de datos queda en «quiesce mode» con lo que pueden darse casos en los que haya pérdida de servicio  nota  [ID 375946.1]

La forma de ver si esta en quiesce mode es :

SQL> select active_state from v$instance;
ACTIVE_ST
———
QUIESCING

Para mas info genérica  está como siempre el metalink nota   [ID 1099271.1]